Structure et fonction des immunoglobulines


  1. Observation d'une molécule d'immunoglobuline. Téléchargez pour commencer un fichier autodécompactable contenant les deux molécules à visualiser dans RASMOL. Décompactez ce fichier dans le répertoire contenant l'exécutable de RASMOL (rasmenuf.exe).
    Ouvrir le logiciel RASMOL et dans Fichier Ouvrir iggtotal.pdb. Dans Afficher choisir Squelette carboné puis augmenter le rayon des bâtonnets à 200. Cliquer sur OK puis dans le menu Colorer choisir par Chaîne/segment.
    On voit les deux chaînes lourdes et les deux chaînes légères.
  2. Comparaison des chaînes d'une immunoglobuline. Téléchargez pour commencer les séquences préparées pour ANAGENE. Décompactez le fichier dans le sous-répertoire Sauve créé par ANAGENE. Les fichiers portent l'extension .edi directement reconnue par le logiciel.
    Ouvrir le logiciel ANAGENE et Fichier choisir Ouvrir. Rechercher dans le sous-répertoire Sauve le fichier igg.edi. Les quatre chaînes d'une même immunoglobuline sont représentées. Grâce aux comparaisons simples de séquences, les analogies et différences seront facilement mises en évidence.
  3. Comparaison de mêmes types de chaînes d'immunoglobulines appartenant à deux individus différents. Ouvrir le fichier 2igg.edi. C'est une comparaison avec alignements des discontinuités entre les chaînes légères et les chaînes lourdes qui montrera les parties variables et constantes (ou presque).
  4. Généralisation, chaînes lourdes. Ouvrir le fichier chaine_h.edi. Il contient 10 chaînes lourdes d'individus différents. Une comparaison avec alignements des discontinuités de toutes les chaînes montrera des zones hypervariables. Les positions où l'on trouve au moins 4 acides aminés différents pour les 10 chaînes sont les suivantes :

    1, 31-35, 49-58, 62-63, 82, 84-85, 87, 93, 99-106.
    Ces positions permettront la visualisation de ces zones dans RASMOL.
  5. Généralisation, chaînes légères. Toujours dans ANAGENE ouvrir chaine_l.edi. Le même type de comparaison que précédemment donne les positions :

    33-34, 36, 52, 55, 82, 91, 95, 98.
  6. Visualiser les régions hypervariables. Dans RASMOL, la molécule d'immunoglobuline entière qui a été chargée précédemment étant toujours visible, tapez dans la ligne de commande la formule suivante :
    select (*h and(1,31-35,49-58,62-63,82,84-85,87,93,99-106)) et validez
    tapez ensuite dans la ligne de commande :
    color cyan, validez
    enfin, dans le menu afficher choisir sphères et prendre 500 pour le rayon des sphères.
    Dans la ligne de commande, pour les chaînes légères, tapez :
    select (*l and(33-34,36,52,55,82,91,95,98)) et validez
    puis color magenta, validez
    enfin, dans le menu Afficher choisir Sphères et prendre 500 pour le rayon des sphères.
    Les zones hypervariables sont alors mises en évidence.

  7. La fixation de l'antigène. Dans RASMOL faire Fichier Fermer puis Ouvrir igg-lys.pdb, Afficher en Squelette carboné avec diamètre 200 pour les bâtonnets. Cliquer sur OK puis dans le menu Colorer choisir par Chaîne/segment.
    Il s'agit d'une igg avec son antigène.
    Dans la ligne de commande taper select (*y) puis Afficher Sphères.
    Les couleurs des chaînes lourdes et légères sont inversées par rapport à iggtotal. Si vous voulez les modifier, dans la ligne de commande tapez select *l, validez puis color green, validez ; ensuite select *h, validez puis color blue, validez.
    Ce ne sont pas les mêmes molécules mais si l'on considère que les zones hypervariables doivent être voisines, on peut recopier les mêmes sélections que précédemment avec les mêmes couleurs et le même affichage en sphères. On obtient alors l'image suivante qui est ici comparée avec un zoom sur la même partie de la molécule iggtotal.pdb.